[发明专利]一种牛CSRP3基因单碱基突变的检测方法

摘要

本发明涉及一种牛CSRP3基因单碱基突变的检测方法，包含CSRP3基因的待测秦川肉牛和中国荷斯坦奶牛全基因组DNA序列为模板，设计CSRP3基因特异性引物，在PCR反应程序下进行扩增，扩增后的特异性PCR产物经检测出现目的带时，直接用限制性内切酶HhaI消化，然后再进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定了秦川肉牛和中国荷斯坦奶牛CSRP3基因第14832位的单碱基突变情况。该检测方法操作简单易行，成本低，时间短，重复性高，检测结果准确，极容易判型，便于推广应用。

主权项

一种牛CSRP3基因单碱基突变的检测方法，其特征在于，以包含CSRP3基因的待测秦川肉牛和中国荷斯坦奶牛全基因组DNA序列为模板，设计CSRP3基因特异性引物，在PCR反应程序下进行扩增，扩增后的特异性PCR产物经检测出现目的带时，直接用限制性内切酶HhaI消化PCR产物，然后再进行琼脂糖凝胶电泳，电泳结果发现3种不同条带，分别对应着3种不同基因型，挑取不同带型送测序验证，利用生物信息学方法，将测序结果与NCBI公布的序列进行比较，发现该CSRP3基因第2外显子区域即第14832位发生了A＞T突变；  所述的牛CSRP3基因特异性引物为：上游引物CSRP3‑GSP‑F：  5'‑ CACAGGTCAGGAATCAAAG ‑3'  19bp；下游引物CSRP3‑GSP‑R：  5'‑ GCAAAGGTCAAACAATAGG ‑3'  19bp；所述的PCR 反应体系为：总反应体系为15 μL，其中包括2×Reaction Mix 7.5 μL，ddH2O 6.1 μL，上游引物CSRP3‑GSP‑F 0.3 μL，下游引物CSRP3‑GSP‑R 0.3 μL，Golden DNA polymerase 0.3 μL，含CSRP3基因序列的DNA模板0.5 µL；所述的PCR反应程序为：95℃预变性5 min，94℃变性30 s，60℃退火40 s，72℃延伸40 s，共36个循环，72℃充分延伸10 min，最后16℃保存待用。