[发明专利]利用三种单倍型检测水稻产量性状的方法

说明书

本发明公开了利用三种单倍型检测水稻产量性状的方法。本发明公开的检测水稻产量性状的方法通过检测水稻的三种单倍型Hap.1、Hap.2和Hap.3进行，Hap.1、Hap.2和Hap.3的10个SNP分别为水稻参考基因组版本号Os‑Nipponbare‑Reference‑IRGSP‑1.0(IRGSP‑1.0)的物理位置1433007，1433155，1433229，1433365，1433528，1433919，1434216，1434258，1434486，1434806的核苷酸，本发明发现单倍型Hap.3具有提高产量的优良性状，在水稻遗传育种及品种改良方面具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明涉及生物技术领域中，利用三种单倍型检测水稻产量性状的方法。

背景技术

预计到2050年，全世界人口将达到100亿，粮食需求将增长50-65％。而随着遗传改良以及栽培措施优化的传统方法已达到生物极限，从上世纪末开始的绿色革命带来的产量收益面临着停滞不前的困境，如何提高作物产量仍是世界范围内亟需解决的难题。水稻是世界上三大粮食作物之一，全球有超过一半的人口以水稻作为主食，因此水稻产量的提升对保障世界粮食安全具有重要的作用。

在农业生产中，农作物的生育期对作物产量起着决定性的作用，其中水稻抽穗期是决定水稻产量和品质的最重要农艺性状之一。合适的抽穗期对水稻品种适应不同生态区域以及不同种植季节具有关键作用，是作物稳产高产的保障。长期以来，选育早熟且高产的水稻品种一直是作物遗传育种研究的主攻方向之一。抽穗期的主要影响因素包括品种差异、光周期和耕作方式等，不同水稻品种抽穗期的差异直接影响品种的耕种区域与季节适应性以及产量性状。因此，从不同水稻种质资源中挖掘鉴定与抽穗期及产量相关的候选基因及分子标记对于水稻品种的遗传改良是非常必要的。水稻的抽穗期和产量均是典型的复杂数量性状，受多基因控制。一个特定候选基因中通常存在多个SNP位点，且表型性状不是由单个SNP引起的，而是由多个SNP的特定组合所致，这一类具有统计学关联性的SNPs的特定组合即是单倍型。对大量水稻种质资源材料中的SNP信息进行单倍型分析，可以为水稻抽穗期和产量的候选基因研究提供更加丰富的信息，同时也可为在自然选择和人工驯化过程中的定向选择提供更加可靠的参考。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何检测水稻的产量性状。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了一种检测水稻产量性状的方法，所述方法包括：检测待测水稻单倍型，所述水稻单倍型为Hap.1、Hap.2和Hap.3，所述Hap.1在水稻参考基因组版本号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日期2013.2.6，网址https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)的物理位置1433007，1433155，1433229，1433365，1433528，1433919，1434216，1434258，1434486，1434806的核苷酸依次为A、A、G、C、A、G、G、C、T和G；

所述Hap.2在水稻参考基因组版本号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日期2013.2.6，网址https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)的物理位置1433007，1433155，1433229，1433365，1433528，1433919，1434216，1434258，1434486，1434806的核苷酸依次为A、G、G、C、T、G、G、C、T和G；

所述Hap.3在水稻参考基因组版本号Os-Nipponbare-Reference-IRGSP-1.0(IRGSP-1.0)(更新日期2013.2.6，网址https://rapdb.dna.affrc.go.jp/)的物理位置1433007，1433155，1433229，1433365，1433528，1433919，1434216，1434258，1434486，1434806的核苷酸依次为G、G、A、G、T、A、A、T、G和T；