[发明专利]一种与水稻稻瘟病抗性基因紧密连锁的分子标记及其应用

说明书

一种与水稻稻瘟病抗性基因紧密连锁的分子标记及其应用，该分子标记引物包含正向和反向引物对，其核苷酸序列分别如下：InDel‑19正向：5’AAGGAGATCTGGTATGTGTGCG 3’；InDel‑19反向：5’AGTTTGGGGTAGTGAAATGCGA 3’；InDel‑25正向：5’CCTGGTCTAAAGCGCACCTA 3’；InDel‑25反向：5’CGCCATGGATTCGTTCGACT 3’；InDel‑27正向：5’TCGGTGCTTTAGATATGTTTTGCT 3’；InDel‑27反向：5’ACAACTCAAACCAAGCTTCTCA 3’。其用于检测含有的稻瘟病抗性基因，对稻瘟病具有很强的抗性，且抗性稳定，抗谱广。

技术领域

本发明涉及水稻遗传育种和分子生物学领域，尤其是指一种与水稻稻瘟病抗性基因紧密连锁的分子标记的应用。

背景技术

水稻是全球最重要的粮食作物之一，养育着世界一半以上的人口。随着水稻常规育种策略的改良和分子育种技术的不断完善，水稻的产量水平也逐渐提高，但水稻病虫害的持续发生阻碍了水稻在育种上的进一步发展，其中，病害造成水稻产量的损失大约超过30%以上，尤其以稻瘟病表现极为严重。由真菌Magnaportheoryzae引起的稻瘟病是水稻最具有毁灭性地病害之一，发生在全国乃至全世界各个稻区，对水稻的种植和生产造成了严重的影响。

当前，防治稻瘟病的一般策略是化学防治和培育抗性品种。化学防治虽然可发挥一定的作用，但往往造成农民种粮成本提高，并且在多次使用后药效会大幅降低，同时会造成环境的污染，对人类有潜在的危害。选育和种植抗性品种是防治稻瘟病最经济、有效和安全的措施，也符合人类对绿色食品的要求，但同时由于稻瘟病病菌生理小种变异频繁以及不同水稻品种对不同的生理小种具有很强的专一性，导致有些单一的抗病品种在种植3-5年后逐渐丧失抗病特性，因此挖掘和利用广谱抗性基因成为选育具有持久抗稻瘟病特性水稻品种最经济有效的方法。同时在生态安全和环境保护方面也具有重要的意义。目前已经报道从不同的水稻品种中分离得到至少有80多个抗稻瘟病主效基因，其中20多个基因已经被成功克隆，但具有广谱抗性的基因很少。

另一方面，传统的水稻稻瘟病抗性育种存在费时、费力、准确性差且易受环境因素影响的弊端。目前，随着分子生物学的发展，基于分子标记辅助选择技术的分子标记辅助育种，利用分子标记与抗稻瘟病目标基因紧密连锁的特点，可在实验室内通过直接检测连锁的分子标记，即可判断目标基因的存在和状态，达到选择目标性状的目的，且在水稻苗期即可检测，具有检测时期早、检测速度快、结果准确并且不受环境条件干扰的优点。因此，挖掘新的具有广谱抗稻瘟病特性的优良基因，并且发展与之紧密连锁的分子标记成为进一步开展水稻稻瘟病抗性育种的关键。

发明内容

本发明提供一种与水稻稻瘟病抗性基因紧密连锁的分子标记的应用，其主要目的在于开发一种分子标记，能够用于水稻稻瘟病抗性基因的鉴定和水稻抗病品种后代的辅助选择育种，并且利用该分子标记在苗期即可以有效区分抗病水稻材料杂交选育后代中是否含有广谱抗稻瘟病基因，从而克服常规水稻稻瘟病抗性育种方法中周期长，效率低，不准确且易受坏境因素影响的缺陷。

为解决上述技术问题，本发明采用如下技术方案：

一种与水稻稻瘟病抗性基因紧密连锁的分子标记的应用，用于水稻稻瘟病抗性基因的鉴定，所述鉴定包括如下步骤：

a) 以待鉴定水稻单株材料的DNA为模板；

b) 用所述分子标记对步骤a）中的DNA进行PCR扩增获得扩增产物；

c) 利用8%非变性聚丙烯酰胺凝胶对步骤b）中的扩增产物进行凝胶电泳分离分析，通过核酸染料染色观察，出现不同分子量大小的带型；

d) 若所述带型中存在与所述分子标记对应的特异性条带，则所述待鉴定水稻单株为含有稻瘟病抗性基因的植株。