[发明专利]与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及应用

说明书

本发明提供一种与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记位于绵羊如SEQ ID NO:1所示的GLIS1基因序列的第4389位碱基，该处碱基为A或G。本发明还提供利用SequenomSNP技术检测绵羊GLIS1基因型并预测绵羊窝平均产羔数的方法，通过对绵羊第1号染色体上第27726261bp位点的核苷酸进行单核苷酸型检测，根据结果判定绵羊GLIS1基因为纯合或杂合。通过对绵羊GLIS1基因型进行选择，将具有高产羔数性状的GG型和较高产羔数的AA型纯合个体选留下来，淘汰产羔数较低的GA杂合型个体，从而提高绵羊的繁殖力，对绵羊大规模分子育种具有潜在的应用价值。

技术领域

本发明涉及分子标记检测技术，具体地说，涉及一种与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及应用。

背景技术

产羔数性状是绵羊最重要的经济性状之一，因其受微效多基因控制且遗传力低，难以用常规育种方法来快速改良，而分子技术能有效快速地提高其遗传进展，因此鉴定与产羔数相关的主效基因或分子遗传标记是现代分子育种的关键。

GLISl为GLIS家族锌指1(GLIS Family Zinc Finger 1，GLIS1)基因，是一种在小鼠卵母细胞和受精卵一、二细胞期高表达的蛋白，在小鼠胚胎发育中起着重要的作用。GLIS1基因在成纤维细胞的重编排过程中发挥重要作用，能够促进成纤维细胞向诱导多功能干细胞转变。GLIS1位于绵羊1号染色体上，包含9个外显子和8个内含子，编码区总长1878bp，编码蛋白含625个氨基酸。为了对GLIS1基因的表达及其转录本对牛植入前胚胎的影响进行研究，Takahashi等检测了体外培养条件下卵母细胞以及胚胎发育不同阶段的细胞中的GLIS1基因，发现该基因能够在卵母细胞中表达，并且对于牛胚胎植入前的胚胎发育非常重要。

王小海等通过对小鼠GLIS1基因新转录本的功能进行研究发现，该基因在小鼠的胚胎发育以及成纤维细胞的重编排过程中均发挥重要作用。Kim等研究发现该基因编码的蛋白质分子量为84.3kD，且富含脯氨酸，另外通过Northern Blot分析得到GLIS1 mRNA在胎盘中表达量最高，实验结果表明GLIS1基因很有可能在胚胎发育过程中的某些特定阶段发挥重要作用。

然而，目前还没有关于GLIS1基因在绵羊繁殖调控中的研究，对其进行研究有助于挖掘出更多与绵羊产羔数相关的分析标记。传统的基因型检测方法，大多采用PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)和PCR-SSCP(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)检测方法，这些方法通量较低，程序繁多，较难实现高通量自动化测定。

单核苷酸型(single nucleotide polymorphism,SNP)主要是指在基因组水平上，由单个核苷酸变异引起的DNA序列型。是一种十分理想、有效的分子标记。

发明内容

本发明的目的是提供一种与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记及应用。

为了实现本发明目的，本发明提供与绵羊产羔数性状相关的SNP分子标记，其含有一个与绵羊多羔相关的SNP位点，该位点位于绵羊第1号染色体上第27726261bp位点(XM_015091666.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v4.0，2015年12月)，该位点的碱基存在T/C突变，与绵羊多羔具有显著的相关性。

进一步地，所述SNP分子标记位于绵羊如SEQ ID NO:1所示的GLIS1基因序列的第4389位碱基，该处碱基为A或G。SEQ ID NO:1所示序列的第4389位碱基为n，n为A或G。

所述SNP分子标记的GG或AA纯合基因型对应的绵羊产羔数高于GA杂合基因型对应的绵羊产羔数。