[发明专利]用于甜瓜枯萎病抗性鉴定的功能性分子标记及其用途

说明书

技术领域

本发明属于蔬菜抗病分子标记育种技术领域，具体涉及一种甜瓜枯萎病抗性基因Fom-2功能性分子标记及其应用，从而为甜瓜枯萎病抗性的标记辅助选择提供一种新型分子标记。

背景技术

甜瓜(Cocumis melo L.)作为葫芦科(Cucurbitaceae)植物中一种重要的园艺作物，具有较高的商业品价值和经济价值，是我国重要的经济作物之一。近年来随着甜瓜种质资源商品化和种植面积的不断扩大，病虫害发生日益严重，迫使生产上大量使用化学试剂，严重影响了甜瓜的产量和品质(Sherf and MacNab 1986)。其中甜瓜枯萎病是由尖孢镰刀菌导致的一种世界范围内毁灭性的土传病害，导致甜瓜90％以上的经济损失(Leach JG1938；Martyn RD 1987)。目前已经鉴定分离得到4种枯萎病菌生理小种，分别为生理小种0，1，2和1-2。遗传分析表明，2个独立的基因Fom-1和Fom-2分别控制对生理小种0，2和0，1的抗性(Risser et al.1976；Risser and Mas 1965；Robinson et al.1976)。其中Fom-2基因已经通过图位克隆的方法得到分离(Joobeur et al.2004)。Fom-2基因属于NBS-LRR类的R基因，这类基因编码NBS(nucleotide binding site，NBS)和LRR(leucine-richrepeat，LRR)两个比较保守的结构域。通常植物专化抗性是由于宿主对抗性蛋白产生的无毒基因的识别，进而引发一个信号级联反应和防御反应(Hammond Kosack and Jones 1997；Martin et al.2003)。植物的R基因不断变化来识别产生变异的无毒基因，这有利于人们在分子水平上发现和认识自然选择。现在人们已从许多物种中克隆得到R基因，并验证了它们在抗性和不抗材料间的功能多样性。许多研究表明拟南芥和其他几个物种R基因存在序列的多态性，这种种间或种内影响表型的基因序列多态性的识别有利于功能性分子标记的发展(Andersen and Lubberstedt，2003)。

目前培育优良抗枯萎病甜瓜品种成为解决甜瓜枯萎病害问题的有效途径之一，分子辅助选择(MAS)手段的发展能大大缩短甜瓜枯萎病抗性育种进程。但目前抗病育种过程中所使用的分子标记与目标基因存在一定遗传距离，易发生重组交换而分离，从而影响选择的准确性。

功能性分子标记是与表型相关的功能基因基序中功能性单核苷酸多态性位点开发而成的新型分子标记，功能性分子标记的开发首先需要鉴定出群体中与表型相关的功能基因的功能性基序的序列。AS-PCR和CAPS方法已成功应用于基于SNPs的一系列功能性分子标记的开发(Chiapparino et al.2004；Kim et al.2006；Yeam et al.2005)。功能性分子标记不需要复杂昂贵的仪器设备或繁琐的操作步骤，因此非常适合应用于分子育种过程。随着越来越多的功能基因及其等位基因的分离和注释，功能性分子标记已成为一类新型分子标记，可以大大提高标记的效率。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种与甜瓜枯萎病抗性基因Fom-2相关的功能性分子标记，其适用于甜瓜的抗枯萎病的辅助选择。

为了解决上述技术问题，本发明提供一种用于甜瓜枯萎病抗性鉴定的功能性分子标记，

该分子标记所采用的CAPS引物序列为以下任意一种：

CAPS1：正向引物为5’-TGCTCCTTTGGCTTCCTGT-3’(SEQ ID NO：3)

反向引物为5’-GAGTCTATTGTTTCGCTTCA-3’(SEQ ID NO：4)，

CAPS2：正向引物为5’-GGAAGTGAGGTGTTGAATT-3’(SEQ ID NO：5)

反向引物为5’-TACACATTGGTCCGTTAGAC-3’(SEQ ID NO：6)，

CAPS3：正向引物为5’-AGACGTAGCATTGCTTCTCTAG-3’(SEQ ID NO：7)

反向引物为5’-TGGCATCCTTCAGCACCTTC-3’(SEQ ID NO：8)；

或者，该分子标记所采用的AS-PCR引物序列为：

AS-PCR：正向引物为5’-GTGTAACACAAATTCCTCAACA-3’(SEQ ID NO：9)

反向引物为5’-GACGTAGCATTGCTTCTGTAGA-3’(SEQ ID NO：10)。