[发明专利]超级计算机平台上的分子动力学模拟短程力并行优化方法有效
| 申请号： | 202010211397.4 | 申请日： | 2020-03-24 |
| 公开（公告）号： | CN111429974B | 公开（公告）日： | 2023-05-05 |
| 发明（设计）人： | 刘卫国;邵明山;张庭坚 | 申请（专利权）人： | 山东大学 |
| 主分类号： | G16C10/00 | 分类号： | G16C10/00 |
| 代理公司： | 济南圣达知识产权代理有限公司 37221 | 代理人： | 李琳 |
| 地址： | 250101 *** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | 本公开提供了一种超级计算机平台上的分子动力学模拟短程力并行优化方法，将分子动力学应用中的多个相邻粒子放在一个组中，形成一个粒子包，实现数据聚集；确认缓存是否命中，如果缓存命中，只更新写缓存中的作用力数据，如果缓存未命中，把相应行中的原始数据放到主核内存中，并从主核内存中的获取需要的缓存行的数据，进行作用力数据的更新，并利用从核在其副本中记录每个缓存行的更新状态；将粒子包中的不同粒子的相同的位置元素改为连续，每个从核在主存中保留临时内存以存储由相应从核计算的邻居列表，将通过收集所有这些邻居列表来形成邻接表，将不同从核的邻居列表作为配对列表连接，完成优化。 | ||
| 搜索关键词： | 超级 计算机 平台 分子 动力学 模拟 短程 并行 优化 方法 | ||
【主权项】：
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