[发明专利]一种药物-DBPs结合位点的预测方法

摘要

本发明涉及一种药物‑DBPs结合位点的预测方法，属于药物‑蛋白质结合位点预测技术领域。本发明中提出一种基于二分网络的药物‑DBPs结合位点的预测方法，以三个氨基酸组成的结合位点片段为研究对象，根据结合位点片段理化性质进行聚类，建立药物‑簇网络关系，然后使用CN方法计算药物‑簇相互作用分数，挑选出得分大于平均标准误差的药物‑簇；簇中的结合位点片段即与该药物具有显著的相互作用，为预测的药物‑DBPs结合位点。在缺乏特征信息的情况下，基于结构的链路预测算法被用来预测新的药物‑DBPs结合位点片段相互作用。基于此，还可以进一步分析预测结果中药物和结合位点片段的结合机制。

主权项

1.一种药物‑DBPs结合位点的预测方法，其特征在于：包括如下步骤：1)建立由药物和可与药物结合的DNA结合蛋白构成的数据集；提取DNA结合蛋白序列上可与药物结合的结合位点，每三个结合位点作为一个结合位点片段；2)根据结合位点片段的氨基酸理化性质通过层次聚类法分为不同的簇，根据药物与DNA结合蛋白结合位点片段的结合关系构建药物与所述簇相互作用的二分网络；3)根据二分网络计算药物与簇之间的相互作用关系程度，挑选出相互作用关系强的药物‑簇组合作为预测组，在该预测组中，簇所包含未与药物结合的结合位点片段作为预测的药物‑DBPs结合位点。