[发明专利]一种基于目标区域测序的单个外显子拷贝数变异预测方法

摘要

本发明涉及一种基于目标区域测序的单个外显子拷贝数变异预测方法，包括和测序数据处理和拷贝数变异预测2个步骤，其中拷贝数变异预测步骤包括统计覆盖到目标区域的测序序列总数目和碱基总数目，确定对照外显子区域，标准化每个对照样本和实验样本的待分析外显子区域覆盖度，计算对照样本中待分析外显子区域标准化后的覆盖度的平均值、标准差和变异系数，预测待分析外显子区域拷贝数变化步骤。本发明不用基于全基因组测序，直接利用外显子水平的覆盖度信息进行分析外显子水平的拷贝数变异，分析方法简单，不经过复杂的GC校正和建模。

主权项

1.一种基于目标区域测序的单个外显子拷贝数变异预测方法，其特征在于：包括以下步骤：(1)测序数据处理：a.对样本的目标区域进行捕获建库，然后在二代测序仪中进行高通量测序，得到测序原始数据；b.通过开源比对工具，对测序得到的序列与参考基因组进行比对，得到测序序列在参考基因组上的位置和序列比对质量；c.根据序列在染色体上的位置，对位于相同起始位置和相同终止位置的序列只保留一条，并对序列按照染色体顺序和起始位置顺序进行排序；(2)拷贝数变异预测：a.统计覆盖到目标区域的测序序列总数目和碱基总数目：以目标区域为基础，以每个区域为单位，统计每个覆盖到该区域的测序序列总数目和碱基总数目；b.确定对照外显子区域：每个样本选取至少30个以上的包含在目标区域中且为不容易发生拷贝数变化的区域作为对照外显子区域，每个样本的对照外显子区域与待分析外显子区域一致；c.标准化每个对照样本和实验样本的待分析外显子区域覆盖度；d.计算对照样本中待分析外显子区域标准化后的覆盖度的平均值、标准差和变异系数；e.根据变异系数、实验样本待分析外显子区域标准化后的覆盖度偏离对照样本标准化后的覆盖度平均值与标准差的关系，预测待分析外显子区域拷贝数变化。