[发明专利]一种染色质拓扑相关结构域的表征方法及装置有效
| 申请号： | 201810410147.6 | 申请日： | 2018-05-02 |
| 公开（公告）号： | CN108647492B | 公开（公告）日： | 2019-04-16 |
| 发明（设计）人： | 陈河兵;李昊;江帅;李睿江;李宛莹;张卓;伯晓晨 | 申请（专利权）人： | 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 |
| 主分类号： | G16B25/00 | 分类号： | G16B25/00 |
| 代理公司： | 北京超凡志成知识产权代理事务所(普通合伙) 11371 | 代理人： | 魏彦 |
| 地址： | 100000 北*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明实施例提供一种染色质拓扑相关结构域的表征方法及装置。所述方法包括：获取待表征染色质拓扑相关结构域TAD对应的Hi‑C数据以及Hi‑C数据分辨率；根据Hi‑C数据的长度和Hi‑C数据分辨率计算获得待表征TAD中的碱基数；根据Hi‑C数据计算待表征TAD占据的细胞核中的空间体积；根据Hi‑C数据分辨率、待表征TAD中的碱基数和待表征TAD占据的细胞核中的空间体积计算获得待表征TAD的致密度，通过致密度来表征待表征TAD。所述装置用于执行所述方法。本发明实施例通过Hi‑C数据分辨率、待表征TAD中的碱基数和待表征TAD占据的细胞核中的空间体积计算获得待表征TAD的致密度，根据致密度能够准确的对待表征TAD进行表征。 | ||
| 搜索关键词： | 数据分辨率 细胞核 碱基数 结构域 染色质 拓扑 体积计算 占据 数据计算 | ||
【主权项】：
1.一种染色质拓扑相关结构域的表征方法，其特征在于，所述方法包括：获取待表征染色质拓扑相关结构域TAD对应的Hi‑C数据以及Hi‑C数据分辨率；根据所述Hi‑C数据的长度和所述Hi‑C数据分辨率计算获得所述待表征TAD中的碱基数；根据所述Hi‑C数据计算获得待表征TAD占据的细胞核中的空间体积；根据所述Hi‑C数据分辨率、所述待表征TAD中的碱基数和所述待表征TAD占据的细胞核中的空间体积计算获得所述待表征TAD的致密度，通过所述致密度来表征所述待表征TAD；所述Hi‑C数据中包括任意两个基因座之间的相互作用频度，所述根据所述Hi‑C数据计算获得待表征TAD占据的细胞核中的空间体积，包括：根据任意两个基因座之间的相互作用频度和空间尺度参数计算获得所述任意两个基因座之间的期望物理距离；基因座根据所述期望物理距离利用多维标度分析算法计算获得各基因座的目的三维坐标；根据所述各基因座的目的三维坐标构建凸包络，计算所述凸包络的体积，以获得所述待表征TAD占据的细胞核中的空间体积。
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