[发明专利]一种基于基因分型鉴定滩羊与非滩羊的方法

摘要

本发明公开了一种基于基因分型鉴定滩羊与非滩羊的方法。本发明方法包括：检测待测羊的基因组中11组SNP位点组合中各SNP位点处的核苷酸，确定所述待测羊对应于所述11组SNP位点组合的11个基因型；然后按照如下确定所述待测羊是否为滩羊：如果所述待测羊对应于所述11组SNP位点组合的11个基因型均符合相应组SNP位点组合的滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为滩羊；如果所述待测羊对应于所述11组SNP位点组合的11个基因型均符合相应组SNP位点组合的非滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为非滩羊。本发明成功获得用于鉴定滩羊与非滩羊的SNP位点组合，为今后滩羊的鉴定、保种、以及遗传育种提供支撑。

主权项

1.一种基于基因分型鉴定滩羊与非滩羊的方法，包括如下步骤：检测待测羊的基因组中11组SNP位点组合中各SNP位点处的核苷酸，确定所述待测羊对应于所述11组SNP位点组合的11个基因型；然后按照如下确定所述待测羊是否为滩羊：如果所述待测羊对应于所述11组SNP位点组合的11个基因型均符合相应组SNP位点组合的滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为滩羊；如果所述待测羊对应于所述11组SNP位点组合的11个基因型均符合相应组SNP位点组合的非滩羊标准基因型，则所述待测羊为或候选为非滩羊；所述11组SNP位点组合为如下(a1)‑(a11)；(a1)‑(a11)所示的11组SNP位点组合所对应的非滩羊标准基因型和滩羊标准基因型依次分别为(b1)‑(b11)；(a1)含有5个SNP位点，分别为CM001598.2:69009397、CM001602.2:49927473、CM001603.2:38707088、CM001603.2:46619514和CM001606.2:34435705；(a2)含有5个SNP位点，分别为CM001582.2:86006851、CM001598.2:69009397、CM001600.2:45516740、CM001601.2:47737780和CM001603.2:46619514；(a3)含有5个SNP位点，分别为CM001582.2:86006851、CM001583.2:42344562、CM001584.2:11650210、CM001584.2:12200323和CM001588.2:9423474；(a4)含有5个SNP位点，分别为CM001592.2:57058734、CM001595.2:48968164、CM001598.2:69009397、CM001601.2:47737780和CM001603.2:38707088；(a5)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001589.2:75561002、CM001590.2:56924859、CM001598.2:69009397和CM001606.2:34435705；(a6)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001598.2:45312379、CM001598.2:69009397和CM001603.2:46619514；(a7)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001594.2:45477903、CM001594.2:80961940和CM001603.2:38707088；(a8)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001593.2:1397868、CM001595.2:14087769和CM001602.2:49927473；(a9)含有5个SNP位点，分别为CM001585.2:30868868、CM001588.2:84941340、CM001592.2:34421625、CM001592.2:53664048和CM001595.2:48968164；(a10)含有5个SNP位点，分别为CM001584.2:79082958、CM001584.2:157466635、CM001601.2:47737780、CM001602.2:49927473和CM001603.2:38707088；(a11)含有5个SNP位点，分别为CM001584.2:79082958、CM001585.2:5250467、CM001588.2:84941340、CM001595.2:43390933和CM001595.2:48968164；所述11组SNP位点组合中的各SNP位点的物理位置是基于滩羊全基因组标准序列比对确定的，所述滩羊全基因组标准序列的版本号为Ovis.Aries V4.0；CM001582.2:86006851位于1号染色体上第86006851位，其脱氧核苷酸为G或T；CM001583.2:42344562位于2号染色体上第42344562位，其脱氧核苷酸为T或C；CM001584.2:11650210位于3号染色体上第11650210位，其脱氧核苷酸为T或C；CM001584.2:12200323位于3号染色体上第12200323位，其脱氧核苷酸为C或G；CM001584.2:79082958位于3号染色体上第79082958位，其脱氧核苷酸为A或G；CM001584.2:157466635位于3号染色体上第157466635位，其脱氧核苷酸为C或T；CM001585.2:5250467位于4号染色体上第5250467位，其脱氧核苷酸为C或G；CM001585.2:30868868位于4号染色体上第30868868位，其脱氧核苷酸为T或C；CM001588.2:9423474位于7号染色体上第9423474位，其脱氧核苷酸为A或C；CM001588.2:84941340位于7号染色体上第84941340位，其脱氧核苷酸为A或C；CM001589.2:75561002位于8号染色体上第75561002位，其脱氧核苷酸为C或G；CM001590.2:56924859位于9号染色体上第56924859位，其脱氧核苷酸为A或G；CM001592.2:34421625位于11号染色体上第34421625位，其脱氧核苷酸为T或C；CM001592.2:53664048位于11号染色体上第53664048位，其脱氧核苷酸为A或G；CM001592.2:57058734位于11号染色体上第57058734位，其脱氧核苷酸为C或G；CM001593.2:1397868位于12号染色体上第1397868位，其脱氧核苷酸为A或G；CM001594.2:45477903位于13号染色体上第45477903位，其脱氧核苷酸为A或G；CM001594.2:80961940位于13号染色体上第80961940位，其脱氧核苷酸为A或C；CM001595.2:14087769位于14号染色体上第14087769位，其脱氧核苷酸为A或T；CM001595.2:43390933位于14号染色体上第43390933位，其脱氧核苷酸为A或G；CM001595.2:48968164位于14号染色体上第48968164位，其脱氧核苷酸为T或G；CM001598.2:45312379位于17号染色体上第45312379位，其脱氧核苷酸为T或C；CM001598.2:69009397位于17号染色体上第69009397位，其脱氧核苷酸为A或C；CM001600.2:45516740位于19号染色体上第45516740位，其脱氧核苷酸为A或C；CM001601.2:47737780位于20号染色体上第47737780位，其脱氧核苷酸为A或G；CM001602.2:49927473位于21号染色体上第49927473位，其脱氧核苷酸为T或C；CM001603.2:38707088位于22号染色体上第38707088位，其脱氧核苷酸为T或C；CM001603.2:46619514位于22号染色体上第46619514位，其脱氧核苷酸为A或G；CM001606.2:34435705位于25号染色体上第34435705位，其脱氧核苷酸为C或G；(b1)非滩羊标准基因型为如下任一：CC_TT_CC_AA_CG；CC_TC_CC_AA_GG；CC_TT_CC_AA_GG；CC_TC_TC_AA_GG；AC_TT_CC_AA_GG；AC_TT_CC_AA_CG；CC CC CC AA CG；AC CC TC AA GG；AC CC CC AA CG；CC CC CC AA GG；CC_TC_TC_AA_CG；CC_TT_TC_AA_GG；CC_TC_CC_AA_CG；CC_TT_TC_AA_CG；滩羊标准基因型为如下任一：CC_CC_TT_AA_CG；AA_CC_CC_AA_CG；CC_TC_TT_AA_CG；CC_CC_CC_GA_CC；AC_TC_TC_AA_CG；AC_CC_TC_AA_CG；CC_CC_TC_AA_CC；AC_TC_CC_AA_GG；AA_CC_TC_GA_CG；CC_CC_CC_GG_CG；AA_CC_CC_GG_CC；AC_CC_TC_GA_GG；AA_CC_TC_AA_CC；CC_CC_TT_GA_GG；AC_CC_CC_AA_CC；AC_CC_TC_GA_CC；(b2)非滩羊标准基因型为如下任一：TT_CC_CC_GG_AA；TT_AC_CC_GG_AA；TT_CC_CC_AG_AA；TT_AC_AC_AG_AA；TT_CC_AC_AG_AA；TT_CC_AC_GG_AA；TT_CC_CC_AA_AA；滩羊标准基因型为如下任一：TT_AA_AC_AG_GA；TT_CC_AA_AG_AA；GT_AC_CC_AG_AA；TT_AC_AC_GG_AA；GG_AC_AC_GG_GA；TT_AC_CC_AG_AA；GT_AC_AC_AG_AA；GG_CC_CC_AG_GG；GG_AC_AC_AA_GA；TT_CC_AC_GG_GA；GT_AA_AC_AG_AA；GG_CC_AA_AA_GA；GT_AC_AC_AG_GA；TT_AC_AC_AA_GA；TT_CC_AC_AG_GA；(b3)非滩羊标准基因型为如下任一：TT_TC_TT_CG_AC；TT_TT_TT_GG_AC；TT_TC_TT_GG_CC；TT_CC_CT_GG_CC；TT_TT_CT_GG_CC；TT_TT_TT_GG_CC；TT_CC_TT_GG_CC；TT_TT_TT_CG_CC；TT_TC_CT_GG_CC；TT_TC_TT_CG_CC；TT_TC_TT_GG_AC；GT_TT_TT_GG_CC；滩羊标准基因型为如下任一：TT_CC_CT_CG_CC；TT_TC_CC_GG_CC；TT_TT_CT_CC_CC；GT_CC_CT_CG_AC；GG_CC_TT_GG_AC；GT_CC_TT_GG_CC；TT_CC_TT_CG_AC；GG_TT_CC_CC_AA；TT_CC_CT_GG_AC；TT_CC_CC_CG_AA；GT_CC_CT_CG_CC；(b4)非滩羊标准基因型为如下任一：CC_GT_CC_GG_CC；GC_TT_CC_GG_CC；GG_TT_CC_AG_TC；GG_GT_AC_GG_CC；GC_GT_CC_GG_CC；GC_TT_CC_AG_TC；CC_GT_AC_AG_CC；GC_TT_CC_GG_TC；GG_TT_AC_GG_TC；GG_TT_CC_GG_CC；CC_TT_CC_AG_CC；CC_TT_AC_GG_CC；GC_TT_CC_AG_CC；CC_TT_CC_GG_CC；CC_TT_CC_GG_TC；GC_GT_CC_AA_TC；GG_TT_CC_AG_CC；GG_GT_CC_GG_CC；GC_GT_CC_GG_TC；滩羊标准基因型为如下任一：CC_GT_AA_AG_TC；GC_GT_AC_GG_CC；GC_GT_AC_AG_TC；CC_GT_AA_AA_CC；GC_GG_AA_AG_TC；CC_GT_AC_AG_TT；CC_GG_CC_AA_CC；GC_GG_AC_GG_TC；CC_TT_AC_GG_TT；CC_GT_AC_AG_TC；CC_GG_CC_AG_TC；CC_GG_AC_AG_TC；CC_TT_CC_AG_TT；CC_GT_CC_AG_CC；CC_GG_AA_AG_CC；CC_TT_AC_AA_TC；CC_GG_AA_AG_TC；CC_GT_CC_AA_TT；CC_GG_AC_AG_TT；CC_GT_AC_AA_CC；CC_GT_AC_AA_TC；CC_TT_AC_AG_CC；(b5)非滩羊标准基因型为如下任一：CC GG AA CC CG；CC GG GA AC GG；CC_GG_GA_CC_GG；CC_CC_GA_CC_CG；CC_CC_AA_CC_GG；TC_GG_GG_AC_GG；CC_CG_GG_CC_CG；CC_CG_GA_CC_GG；TC_CG_GA_AC_CG；CC_CG_GA_CC_CG；TC_CG_GA_AC_GG；CC_CG_GG_CC_GG；TC_CG_AA_CC_GG；CC_CG_AA_CC_GG；CC_GG_GG_CC_GG；CC_GG_GA_AC_CG；TC_GG_GG_CC_GG；TC_GG_GG_CC_CG；TC_GG_GA_CC_CG；TC_CG_GG_CC_CG；TC_GG_GA_CC_GG；滩羊标准基因型为如下任一：TC_CG_GA_AC_CC；TC_CC_GA_CC_CG；TT_CG_AA_AA_CG；CC_CC_AA_CC_CC；TT_CG_GA_AC_CG；TC_CC_GA_AC_CG；TT_CC_AA_CC_CC；TC_CG_AA_CC_CG；TC_CG_GA_CC_CG；TC_GG_GA_AC_GG；CC_CC_AA_CC_CG；TT_CG_GA_AA_CC；CC_CC_AA_AA_GG；TT_CC_GA_AC_CG；CC_CC_GA_AC_CC；(b6)非滩羊标准基因型为如下任一：CC_CA_CC_CC_AA；TC_AA_TC_CC_AA；CC_AA_CC_AC_AA；CC_CA_TC_CC_AA；CC_CA_TT_CC_AA；TC_CA_CC_AC_AA；CC_AA_CC_CC_AA；CC_AA_TC_CC_AA；TC_AA_CC_CC_AA；TC_CC_TC_CC_AA；CC_AA_TT_CC_AA；CC_CC_TC_CC_AA；TC_CA_CC_CC_AA；滩羊标准基因型为如下任一：TC_CA_TC_AA_GA；TC_AA_TT_CC_AA；TT_CC_TC_AA_AA；TT_AA_TT_AC_GA；TC_CA_TC_CC_AA；TC_AA_TC_AC_GA；TC_CC_TC_AC_AA；TC_AA_TT_AC_AA；TT_CC_CC_CC_AA；TC_AA_TC_AC_AA；TC_CA_TT_AC_GA；CC_CA_TT_CC_GA；TT_CC_TT_AA_AA；TC_CC_TC_CC_GA；TT_CC_TC_AC_GA；CC_CA_TT_AC_AA；(b7)非滩羊标准基因型为如下任一：CC_CA_GG_AA_CC；TC_AA_GG_CA_CC；CC_CA_GG_AA_TC；TC_CA_GG_AA_CC；CC_AA_GG_CA_CC；TC_CA_GG_CA_CC；TC_AA_GG_CA_TC；CC_AA_GG_CA_TC；CC_CA_GG_CC_CC；CC_AA_GG_AA_CC；CC_CA_AG_AA_TC；TC_CC_GG_CA_CC；TC_AA_GG_AA_TC；TC_CA_AG_AA_CC；CC_CC_GG_AA_CC；TC_AA_AG_AA_CC；滩羊标准基因型为如下任一：TC_CA_AG_AA_TC；TC_AA_AG_AA_TC；TT_AA_GG_AA_TC；TT_CC_AG_AA_CC；TT_CC_GG_AA_TC；TT_AA_AG_AA_TC；TC_CA_AA_AA_TT；TC_CA_AA_AA_CC；TC_CC_AG_AA_TC；TC_CA_GG_AA_TC；TC_CA_GG_AA_TT；TT_CC_AG_AA_TC；TC_CC_AG_AA_CC；CC_CA_AG_AA_CC；(b8)非滩羊标准基因型为如下任一：CC_CA_GG_AA_TT；CC_AA_GG_AA_TC；CC_CA_AG_AA_TT；CC_CA_GG_TT_TC；CC_CA_AG_AA_TC；TC_CA_AG_TA_TT；CC_AA_AG_TT_CC；CC_AA_AG_TA_TC；CC_AA_AA_TA_CC；TC_AA_AG_TT_CC；CC_AA_GG_TT_TC；TC_AA_GG_AA_TT；CC_AA_GG_TT_CC；CC_AA_AG_TA_CC；TC_AA_AG_TT_TC；CC_CA_AG_TT_CC；CC_AA_AG_TT_TC；CC_AA_AG_AA_CC；CC_AA_GG_AA_CC；CC_CA_GG_TA_TC；TC_CC_GG_AA_TT；TC_AA_GG_TA_CC；TC_AA_AG_AA_TC；CC_AA_GG_TT_TT；CC_AA_GG_TA_TT；CC_AA_AA_TA_TC；CC_CA_GG_TT_TT；CC_CC_GG_TA_CC；TC_AA_GG_TA_TC；TC_CA_GG_TT_TC；CC_AA_GG_TA_TC；TC_AA_AG_AA_TT；滩羊标准基因型为如下任一：TC_CA_AA_AA_TC；TC_CA_AG_AA_CC；TC_AA_AG_TA_CC；TT_CC_AA_AA_TC；TT_AA_AA_AA_CC；TC_AA_AG_TA_TC；TC_CC_AG_AA_CC；TC_CA_GG_AA_CC；TC_CA_AG_AA_TC；TC_AA_AG_AA_CC；TT_CC_GG_AA_CC；TC_CC_AA_AA_CC；CC_CA_AA_AA_TC；TT_CC_AA_AA_CC；TT_AA_GG_AA_CC；CC_CA_GG_AA_CC；(b9)非滩羊标准基因型为如下任一：CC_CA_TT_GG_GT；TC_AA_TT_GG_GT；CC_AA_TT_AG_GT；TC_CA_TT_GG_GT；CC_AA_TT_GG_GT；CC_AA_CT_GG_TT；CC_AA_TT_GG_TT；TC_AA_TT_AG_GT；TC_AA_TT_GG_TT；CC_CA_TT_GG_TT；CC_CA_TT_AG_TT；TC_CC_TT_GG_TT；CC_CC_TT_AG_GT；TC_CA_TT_AG_TT；滩羊标准基因型为如下任一：TC_CA_TT_AG_GT；TT_AA_CT_AG_GT；TT_CC_TT_AG_GG；TC_AA_TT_AG_TT；TC_AA_TT_GG_GG；TT_CC_CT_AG_GG；TC_CA_TT_GG_TT；TC_CA_CT_GG_GT；CC_CA_TT_AG_GG；TT_CC_CT_AA_GG；TC_CC_CT_AG_GG；TC_CC_CT_AG_GT；TT_AA_TT_AA_TT；TT_CC_TT_AA_GT；CC_CA_CT_AG_TT；(b10)非滩羊标准基因型为如下任一：AA_CC_GG_TT_CC；AA_CT_GG_TT_CC；GA_CT_GG_TT_CC；GA_CC_AG_TC_TC；GA_CC_AG_CC_CC；GA_CT_GG_TC_TC；GA_CC_GG_TC_CC；AA_CT_GG_CC_CC；GA_CT_AG_CC_CC；AA_CT_AG_CC_CC；GA_TT_GG_CC_CC；AA_CC_AG_CC_CC；AA_CT_AG_TC_TC；AA_CT_GG_TC_TC；GG_TT_GG_TT_CC；GA_TT_AA_TT_TC；GG_CC_AG_TC_CC；GA_CC_AG_TT_CC；GA_CT_AG_TC_CC；AA_CC_GG_CC_CC；GA_TT_GG_TC_CC；AA_CC_GG_TC_CC；GA_CT_GG_TC_CC；AA_CC_GG_TT_TC；滩羊标准基因型为如下任一：GA_CT_AG_TC_TC；AA_TT_GG_CC_CC；GA_CT_AG_CC_TT；GG_TT_AG_TC_TT；GG_TT_GG_TC_TT；GG_CT_GG_TC_CC；GG_CT_AA_CC_CC；GG_CT_GG_TC_TC；GG_CT_GG_TC_TT；AA_TT_AG_CC_TC；GA_CT_GG_CC_TC；GA_TT_AG_CC_TC；AA_CT_AA_CC_TC；AA_CT_AG_TC_CC；GG_TT_AG_CC_TC；GG_TT_AG_CC_CC；GG_CT_AG_CC_CC；GG_CT_AA_CC_TC；GG_TT_GG_TC_TC；GG_TT_AA_CC_CC；GA_TT_AA_CC_TC；GA_TT_AG_CC_CC；(b11)非滩羊标准基因型为如下任一：AA_GC_CA_AG_GT；GA_GC_AA_AG_GT；GG_GC_AA_GG_GT；AA_CC_CA_AG_TT；GA_GC_CA_AG_TT；AA_CC_CA_GG_GT；GA_GC_AA_GG_GT；GA_CC_AA_AA_GT；GA_CC_AA_AG_TT；AA_GG_AA_AG_TT；GA_CC_AA_GG_TT；AA_GG_AA_GG_TT；AA_CC_AA_GG_TT；GA_GC_AA_GG_TT；AA_GC_AA_GG_TT；AA_GC_CA_AG_TT；AA_CC_AA_AG_TT；GA_GC_AA_AG_TT；AA_GC_AA_AG_TT；AA_CC_CA_GG_TT；GA_CC_CC_AG_TT；AA_CC_AA_AA_TT；GG_CC_AA_GG_TT；GA_CC_CA_AG_GT；AA_CC_CC_AG_GT；GA_CC_AA_AA_TT；AA_CC_AA_GG_GT；滩羊标准基因型为如下任一：AA_GC_AA_GG_GT；AA_GC_CC_AG_GT；GA_GC_CA_AA_GT；GA_GG_CA_AG_TT；GA_GG_AA_AG_GG；AA_GG_CC_AG_GG；GG_GC_CC_AA_GT；GG_GC_CA_AG_GT；GG_GC_CC_AA_GG；GG_GC_CA_AA_TT；GA_GC_CA_AG_GG；GG_GC_CC_AG_GG；GG_CC_CC_AA_GG；GG_GC_CC_AG_GT；GA_GC_CA_AG_GT；GA_GC_CC_AG_GT；AA_GG_CC_GG_GT。