[发明专利]一种根据基元反应拓扑结构构建动态代谢网络的方法有效
| 申请号： | 201711294057.7 | 申请日： | 2017-12-08 |
| 公开（公告）号： | CN108021787B | 公开（公告）日： | 2021-10-15 |
| 发明（设计）人： | 赵阔;潘天宇;魏冰洁;陈楚赟;仇隽;张丽梅;关岳 | 申请（专利权）人： | 华东理工大学 |
| 主分类号： | G16B5/00 | 分类号： | G16B5/00 |
| 代理公司： | 上海顺华专利代理有限责任公司 31203 | 代理人： | 李鸿儒 |
| 地址： | 200237 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种动态代谢网络构建方法，其包括步骤(a)对于欲构建的动态代谢网络，找出所有的孤立反应和调控反应，确定每一个孤立反应中冗余的基元反应速率常数数目；(b)通过体外实验测定或从现有的酶学数据库获得所有孤立反应和调控反应的米氏动力学参数；(c/d)每一个孤立反应和调控反应中，计算出所有其余的基元反应速率常数的绝对值和/或相对值；(e)利用步骤(c)和(d)获得的基元反应速率常数，通过计算机构建基元反应拓扑结构型动态代谢网络。本发明方法无需逐一推导米氏动力学类速率方程解析式，在有热力学平衡常数的前提下，获得调控反应所涉及的基元反应速率常数比较简单，适合于计算机构建大型代谢网络。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 根据 反应 拓扑 结构 构建 动态 代谢 网络 方法 | ||
【主权项】：
1.一种根据基元反应拓扑结构构建动态代谢网络的方法，其特征在于包括以下步骤：(a)对于欲构建的动态代谢网络，找出所有的孤立反应和调控反应及涉及的米氏动力学参数和基元反应速率常数，确定每一个孤立反应和调控反应的独立动力学参数数目，进而确定每一个孤立反应中冗余的基元反应速率常数数目；其中，每一个孤立反应和调控反应中冗余的基元反应速率常数数目分别为其涉及的基元反应速率常数总数与独立动力学参数数目之差；(b)通过体外实验测定或从现有的酶学数据库获得所有孤立反应和调控反应的米氏动力学参数；(c)每一个孤立反应中，利用步骤(b)获得的米氏动力学参数，对冗余的基元反应速率常数赋值或者定为固定常数，结合米氏动力学参数和基元反应速率常数之间的关系，计算出孤立反应涉及的其余所有的基元反应速率常数的绝对值或者相对值；(d)每一个调控反应中，利用步骤(b)获得的米氏动力学参数，对冗余的基元反应速率常数赋值或者定为固定常数，结合米氏动力学参数和基元反应速率常数之间的关系，计算出调控反应涉及的其余所有的基元反应速率常数的相对值；(e)利用步骤(c)和(d)获得的基元反应速率常数，通过计算机构建基元反应拓扑结构型动态代谢网络。
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