[发明专利]一种微卫星不稳定性的测序数据分析方法、装置及计算机可读介质

摘要

本发明提供一种微卫星不稳定性的测序数据分析方法、装置及计算机可读介质。能够利用NGS测序结果判定出是否存在微卫星不稳定的情况，该分析计算方法在不降低特异性的情况下能够明显提高检测敏感性，可以快速、自动化、高通量、高灵敏度、高特异性地评估每个MSI位点的稳定或不稳定状态，进而结合每个样本中所有MSI位点的状态，综合评估样本为MSS，MSI‑L，或MSI‑H。

主权项

1.一种微卫星不稳定性的测序数据分析方法，其特征在于，包括如下步骤：S1：对待测样本以及正常样本采用NGS测序，获取待测样本和正常样本中覆盖需要测定的MSI位点的测序数据；S2：对于步骤S1中获得的测序数据，同时采用以下三种判定方法进行判定，至少其中一个判定方法满足时，即认为该样本的微卫星位点为不稳定；S2‑1：根据步骤S1的测序数据，计算出每个待测样本和正常样本在该MSI位点上的主要重复单元类型，统计出在每个正常样本中主要重复单元类型的种类数Ni，并计算出种类数Ni的平均值mean(Ni)及标准偏差sd(Ni)；若对于待测样本的主要重复单元类型的种类数＞mean(Ni)+x×sd(Ni)，则判定该样本中MSI位点为不稳定微卫星位点；其中x为标准差系数；S2‑2：根据步骤S1的测序数据，计算出每个待测样本和正常样本在该MSI位点上的主要重复单元类型，若在待测样本中找到了在正常样本中未出现过的主要重复单元类型，则判定该样本中MSI位点为不稳定微卫星位点；S2‑3：根据步骤S1的测序数据，将所有的正常样本作为整体，计算出所有的正常样本上的人群主导重复单元类型，再分别计算出所述的人群主导重复单元类型在每个正常样本上所占比例，根据所占的比例进行统计，得到分布参考集合，计算出所占比例的中位数Q2(Ri)，第一四分位数Q1(Ri)和第三四分位数Q3(Ri)；计算出所述的人群主导重复单元类型在每个待测样本上所占比例RTi，当RTi满足以下条件时，则判定该样本中MSI位点为不稳定微卫星位点：RTi>Q2(Ri)+1.5×(Q3(Ri)‑Q1(Ri))或RTi。