[发明专利]采用分治法进行高相似性序列的比对方法有效
| 申请号： | 201710791282.5 | 申请日： | 2017-09-05 |
| 公开（公告）号： | CN107798216B | 公开（公告）日： | 2021-06-04 |
| 发明（设计）人： | 许闻廉;林信男 | 申请（专利权）人： | 中央研究院 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10 |
| 代理公司： | 北京科龙寰宇知识产权代理有限责任公司 11139 | 代理人： | 孙皓晨;马鑫 |
| 地址： | 中国台*** | 国省代码： | 台湾;71 |
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| 摘要： | 本发明提出一种采用分治法进行高相似性序列的比对方法。本发明提出的方法(称为Kart法)是采用分治法将序列切割为数个较小的片段，每个小片段均可个别处理，并且最终序列的全长比对由这些片段的比对组成，因此Kart法可视为能平行进行比对的方法。高通量测序的技术让生物学家得以用精密到核苷酸的分辨率来探讨基因体之间的差异，由于高通量测序可产生巨量的数据，因此高通量测序序列的分析需仰赖快速的比对方法。本发明提出的Kart法可快速地处理短序列与长序列，此外Kart法也可容许更高的测序错误率，根据实验结果，Kart比多数的比对方法要快上许多，即使是错误率高达15％的序列，Kart依然能够产生准确的比对。 | ||
| 搜索关键词： | 采用 分治 进行 相似性 序列 方法 | ||
【主权项】：
一种采用分治法进行高相似性序列的比对方法，其特征在于，包括以下步骤：提供包含至少一条参考序列的一数据库；以查询序列Q在该数据库中找寻所有区域性的最长一致片段作为简易比对区，并将该些简易比对区根据其序列区块与基因体区块的位置差进行分群，以建构出全长比对的基础架构；以及去除该些简易比对区中的重叠区块，并插入一般比对区以填补相邻简易比对区的间隙，所述一般比对区可以分别并平行地进行比对，所有比对区接合后产生完整的比对。
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