[发明专利]抗原表位构象指纹数据库

摘要

本发明涉及一种抗原表位构象指纹数据库，属于生物信息学领域。每一条抗原表位的数据包括名称，氨基酸序列，全信息构象指纹，所述的氨基酸序列从抗原表位数据库中获取，所述的全信息构象指纹是对抗原表位的氨基酸序列的三维空间构象进行预测得到的构象谱带。该数据库包含超过25万抗原表位的构象指纹。不仅包含了抗原表位序列的一级结构和有规则的二级结构，而且涵盖了无规则的三级结构。由于采用指纹代码，可以采用相似性分数来评估抗原的表位特征，为定量地分析和比对抗原表位提供了工具。

主权项

一种抗原表位构象指纹数据库，每一条抗原表位的数据包括名称，氨基酸序列，全信息构象指纹，所述的氨基酸序列从抗原表位数据库中获取，所述的全信息构象指纹是对抗原表位的氨基酸序列的三维空间构象进行预测得到的构象谱带；所述构象谱带，通过如下预测过程获得：1)从全部20个氨基酸中任意地提取5个氨基酸，形成总数为3,200,000的不同排列，每一个排列的可能折叠构象从全球蛋白质数据库获得，然后用蛋白折叠形状码表示；创建了一个数据库来收集上述排列及其对应的蛋白折叠形状码，该数据库被命名为5AAPFSC；2)对于抗原表位的蛋白质，沿着氨基酸序列，从N‑端开始，逐步移动向C‑端，依次读取每5个连续的氨基酸，其可能具有的折叠构象从5AAPFSC数据库直接获得，用蛋白折叠形状码的字符表示；在蛋白质数据库中出现频率最高的折叠构象对应的蛋白折叠形状码排在第一位，出现频率第二高的折叠形状码排在第二位，从上到下依次形成一列，直至收集完全为止，每5个连续的氨基酸具有不同数目的折叠构象可能；3)抗原表位的全部可能的折叠形状码形成一个阵列，称为蛋白折叠构象谱带，代表了抗原表位全部可能的折叠构象；对于每一个位点，通过其全部可能的折叠形状码的相互替代，可以准确地得到所有可能的构象；可能构象的总数目是全部每5个氨基酸可能折叠构象数目的连续乘积。