[发明专利]一种低成本的PML/RARA融合基因快速检测探针及其制备方法和应用

摘要

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种低成本的PML/RARA融合基因快速检测探针及其制备方法。所述制备方法包括以下步骤：从UCSC Genome Browser下载PML和RARA基因探针所覆盖区域基因组非重复序列，再将分割后的序列批量导入OligoArray软件进行探针设计，然后将设计后的探针加上标签序列后直接合成，再使用带有荧光基团的标签引物对探针进行扩增和标记，得到PML/RARA融合基因快速检测探针。本发明制备所得PML/RARA融合基因快速检测探针具有杂交时间短(可在15～30分钟完成杂交实验)、杂交信号明亮、信噪比高、制备成本低等优点。

主权项

1.一种低成本PML/RARA融合基因快速检测探针的制备方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）从UCSC Genome Browser下载PML和RARA基因探针所覆盖区域的基因组非重复序列，其中PML探针覆盖区域为：chr15 74089693~74634008，RARA探针覆盖区域为：chr17 38059674~38977709；（2）将步骤（1）获得的PML基因探针所覆盖区域的基因组非重复序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的区块；将分割后的区块批量导入OligoArray 软件进行探针设计、探针筛选，然后将筛选出的探针导出到EXCEL表格中，再分别在每条探针的5’端加上17bp的标签序列、3’端加上18bp的标签序列，得到一系列带有标签序列的PML探针序列；所述探针筛选的条件为：探针长度50bp，TM值85~99℃，GC比40~80%，不含TTTT/GGGG/AAAA/CCCC，探针间最小间隔5bp；所述标签序列的碱基序列如下所示：5’端标签序列为：TGTAAAACGACGGCCAG，3’端标签序列为：GGTCATAGCTGTTTCCTG；（3）将步骤（1）获得的RARA基因探针所覆盖区域的基因组非重复序列使用perl插件程序chunks.pl分割成1kb大小的区块；将分割后的区块批量导入OligoArray 软件进行探针设计、探针筛选，然后将筛选出的探针导出到EXCEL表格中，再分别在每条探针的5’端加上17bp的标签序列、3’端加上18bp的标签序列，得到一系列带有标签序列的RARA探针序列；所述探针筛选的条件为：探针长度50bp，TM值85~99℃，GC比40~80%，不含TTTT/GGGG/AAAA/CCCC，探针间最小间隔5bp；所述标签序列的碱基序列如下所示：5’端标签序列为：TGTAAAACGACGGCCAG，3’端标签序列为：GGTCATAGCTGTTTCCTG；（4）使用DNA合成仪对步骤（2）所得带有标签序列的PML探针序列进行化学合成，将化学合成的探针进行混合，制备得到PML探针库；同理，使用DNA合成仪对步骤（3）所得带有标签序列的RARA探针序列进行化学合成，将化学合成的探针进行混合，制备得到RARA探针库；（5）分别合成5’端带有绿色荧光基团的M13通用引物和5’端带有橘红色荧光基团的M13通用引物，使用5’端带有绿色荧光基团的M13通用引物对PML探针库进行扩增标记反应，使用5’端带有橘红色的荧光基团的M13通用引物对RARA探针库进行扩增标记反应；所述通用引物的序列如下所示：M13‑F TGTAAAACGACGGCCAGT，M13‑R CAGGAAACAGCTATGACC；（6）将步骤（5）所得PML探针库的扩增标记产物纯化、稀释后即得到荧光标记的PML探针库， 将步骤（5）所得RARA探针库的扩增标记产物纯化、稀释后即得到荧光标记的RARA探针库，所述荧光标记的PML探针库和荧光标记的RARA探针库构成了PML/RARA融合基因快速检测探针。