[发明专利]一种响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构功能注释方法

摘要

本发明提供了一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构功能注释方法，包括筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs与筛选对植物响应逆境胁迫的lncRNAs的候选靶基因；对植物响应逆境胁迫的lncRNAs的靶基因的功能注释；以及对响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构富集分析与功能预测。本发明二级结构功能注释的方法，结合生物信息学与差异表达分析对植物逆境胁迫响应lncRNAs的二级结构进行注释，不但极大地提高了实验的效率、精准性以及灵活性并显著地降低了实验成本。

主权项

1.一种植物响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构功能注释方法，包括以下步骤：步骤S1，筛选植物响应逆境胁迫的lncRNAs；步骤S2，筛选对植物响应逆境胁迫的lncRNAs的候选靶基因；步骤S3，植物响应逆境胁迫的lncRNAs的靶基因的功能注释；步骤S4，对响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构富集分析；步骤S5，逆境胁迫响应lncRNAs二级结构功能预测；所述步骤S4中对响应逆境胁迫的lncRNAs二级结构富集分析方法为利用RNAmotif2008对胁迫响应的lncRNAs二级结构进行富集分析，分析中筛选的参数设置为：①预测motif数量4‑6个；②Stem数量4‑6；③Loop数量1‑3个④分布模式为一般模式；共获得富集的lncRNAs二级结构4个；所述步骤S5中逆境胁迫响应lncRNAs二级结构功能预测方法为根据胁迫响应lncRNAs二级结构富集结构及lncRNAs靶基因的功能注释结果，对lncRNAs二级结构的功能进行预测。