[发明专利]一种基于SMRT测序技术的中成药生物物种组成成分监测方法在审
| 申请号： | 201610922312.7 | 申请日： | 2016-10-25 |
| 公开（公告）号： | CN106498050A | 公开（公告）日： | 2017-03-15 |
| 发明（设计）人： | 宋经元;辛天怡;徐志超;贾静 | 申请（专利权）人： | 中国医学科学院药用植物研究所 |
| 主分类号： | C12Q1/68 | 分类号： | C12Q1/68 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 100193 北京市海*** | 国省代码： | 北京;11 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明公开了一种基于SMRT的中成药生物物种组成成分监测方法，其包括如下步骤1)提取待检样品基因组DNA；2)以上述DNA为模板，扩增其ITS2序列和psbA‑trnH序列；3)基于Pacbio RSII测序平台，依照该平台标准操作流程，对上述PCR产物进行文库构建，并进行SMRT测序；4)应用SMRT Analysis Server 2.3.0软件对原始数据进行过滤，并基于RS_ReadsOfInsert.1操作流程获得环状一致性序列(circular‑consensus sequencing，CCS)，用CD‑HIT软件将CCS序列进行聚类，最终获得可用于后续分析的ITS2和psbA‑trnH序列；5)将上述序列放入中药材DNA条形码鉴定系统(http//www.tcmbarcode.cn/china/)，进行BLAST比对，获得物种鉴定结果。本发明能够实现对中成药生物物种组成成分的监测。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 smrt 技术 中成药 生物 物种 组成 成分 监测 方法 | ||
【主权项】：
一种基于SMRT测序技术的中成药生物物种组成成分的监测方法，其包括如下步骤：1)提取待检样品基因组DNA。2)以上述DNA为模板，PCR扩增其ITS2序列和psbA‑trnH序列。3)基于Pacbio RSII测序平台，依照该平台标准操作流程，对上述PCR产物进行文库构建，并进行SMRT测序。4)应用SMRT Analysis Server 2.3.0软件对原始数据进行过滤，并基于RS_ReadsOfInsert.l操作流程获得环状一致性序列(circular‑consensus sequencing，CCS)，用CD‑HIT软件将CCS序列进行聚类，最终获得可用于后续分析的ITS2和psbA‑trnH序列。5)将上述序列放入中药材DNA条形码鉴定系统(http：//www.tcmbarcode.cn/china/)，进行BLAST比对，获得物种鉴定结果。
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于中国医学科学院药用植物研究所，未经中国医学科学院药用植物研究所许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201610922312.7/，转载请声明来源钻瓜专利网。
