[发明专利]一种联合筛选蒽环类药物心脏毒性基因的方法

摘要

本发明涉及一种利用mRNA表达谱与竞争性内源RNA表达谱联合筛选蒽环类药物心脏毒性基因的方法，包括步骤：通过mRNA和竞争性内源RNA表达谱芯片检测到大量基因的表达值，对所有基因的相关性进行排序；将获取的mRNA和竞争性内源RNA特征基因进行合并；通过遗传算法，对基因池进一步选择基因；通过比较乳腺癌患者、乳腺癌AIC患者及正常人mRNA与竞争性内源RNA联合表达谱不同，样本间的数据从而选出差异表达的基因；对差异表达基因预测，挑选score大于140，自由能小于‑20的作为可靠的靶基因；再从靶基因中挑选有显著差异的，用剩余部分RNA对构建的乳腺癌蒽环类药物心脏毒性发病目的靶基因进行验证。本发明可以候选出更为可靠的与蒽环类药物心脏毒性相关的潜在基因标志物。

主权项

1.一种利用mRNA表达谱与竞争性内源RNA表达谱联合筛选蒽环类药物心脏毒性基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1、通过mRNA和竞争性内源RNA表达谱芯片检测到大量基因的表达值，对所有基因的相关性进行排序，去除在所有样本中表达量RPKM均值小于1的低相关度基因，留下与蒽环类药物心脏毒性分类RPKM均值1以上的密切相关的基因；步骤2、将获取的mRNA和竞争性内源RNA特征基因进行合并，形成基因池；步骤3、通过遗传算法，对所述基因池进一步选择基因，消除冗余基因，搜索获得一个最优特征的最优基因集；步骤4、通过比较乳腺癌患者、乳腺癌AIC患者及正常人mRNA与竞争性内源RNA联合表达谱不同样本间的数据，从而选出差异表达的基因；基于差异表达基因进行分析；步骤5、对差异表达基因预测，挑选score大于140，自由能小于‑20的作为可靠的靶基因；再从靶基因中挑选P值小于0.05的，用剩余部分RNA对构建的乳腺癌蒽环类药物心脏毒性发病目的靶基因进行验证。