[发明专利]基因组信息辅助育种方法I-基于SNP聚类信息和PAV变异信息的育种亲本选择

摘要

本发明涉及一种利用SNP聚类和PAV变异进行亲本选择的基因组信息辅助育种方法。本发明的实质是借助基因组学和生物信息学方法，获得候选亲本的基因组测序信息，一方面通过序列比对获得高质量SNP数据集并计算候选亲本的遗传距离矩阵，借助聚类树判断候选亲本间的亲缘关系；另一方面，将Denovo组装的候选亲本contig定位到参考基因组，再根据物理位置获取候选亲本目标性状相关基因的PAV变异。结合PAV变异和基于SNP的亲缘关系信息，从大量候选亲本中筛选出亲本子集用于表型鉴定；最终结合亲本子集的表型鉴定结果确定入选育种亲本。该方法属于水稻分子育种领域，能够从大量的候选亲本中有效的缩小用于表型鉴定的材料范围，减少表型鉴定的工作量，提高育种工作效率。

主权项

1.一种利用SNP聚类信息和PAV变异信息进行育种亲本选择的基因组信息辅助育种方法，按照如下步骤进行：1)通过基因组重测序获得候选育种亲本的大量基因组reads信息；2)通过常规的序列比对方法与参考基因组进行比对，获取物理位置信息，然后提取SNP信息数据集；通过设置参数，过滤SNP信息数据集，获得缺失数据最少的高质量SNP数据亚集；3)在高质量SNP数据亚集的基础上，通过常规的方法计算获得候选育种亲本的遗传距离矩阵，利用常规方法构建SNP聚类树，根据候选育种亲本的SNP聚类信息，判断候选育种亲本之间的亲缘关系远近；4)通过Denovo组装，形成候选育种亲本的contig，然后将其通过常规的序列比对分析方法定位到参考基因组，获得相应候选育种亲本contig的物理位置；5)根据育种计划所设定的目标性状，选择重要的相关基因位点，根据该基因的物理位置区间，分析候选育种亲本contig中目标性状控制基因对应区间序列的PAV变异基因型；6)根据PAV变异分析的结果和基于SNP聚类的亲缘关系信息，从大量候选育种亲本中筛选获得用于表型鉴定的亲本子集；7)结合亲本子集的表型重复鉴定结果最终确定育种计划所需的入选育种亲本。