[发明专利]合成生物学数据处理方法及其处理系统有效
申请号: | 201610077123.4 | 申请日: | 2016-01-30 |
公开(公告)号: | CN105787290B | 公开(公告)日: | 2018-12-18 |
发明(设计)人: | 师佩;李盼盼;吕琪;吴涛;董亚非 | 申请(专利权)人: | 陕西师范大学 |
主分类号: | G06F19/10 | 分类号: | G06F19/10;G06F17/30 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 710119 陕西*** | 国省代码: | 陕西;61 |
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摘要: | 本发明公开了合成生物学数据处理方法及其系统,涉及合成生物学技术领域,该方法将从iGEM获取的数据拆分为多个特征序列,从序列、名称和类型等信息入手对特征序列进行处理,达到数据全面且无冗余的效果。 | ||
搜索关键词: | 合成 生物学 数据处理 方法 及其 处理 系统 | ||
【主权项】:
1.合成生物学数据处理方法,其特征在于,包括以下步骤:从iGEM上获取数据,并存储在原始数据表中;将所述原始数据表中的部件进行拆分,获得多个特征序列,并存储在第一特征序列表中,其中,所述第一特征序列表中每个数据均包含特征序号、名称、类型、互补、起始、序列和部分序号信息;在所述第一特征序列表中查询序列、名称和类型均相同的特征序列,每个保留一条,并存储在第二特征序列表中;在所述第二特征序列表中查询序列相同,但是名称不同的特征序列,存储在第一名称数据表中;在所述第一名称数据表中查询并保留互补为1的特征序列,删除其他特征序列,获得第一子名称数据表;若所述第一子名称数据表中的特征序列均相同,在所述第一子名称数据表中查询并保留互补相同且起始最小的特征序列,删除其他特征序列,获得第二子名称数据表;若所述第二子名称数据表中的特征序列均相同,则在所述第二子名称数据表中查询并保留具有完整概念名称的特征序列,删除其他特征序列,获得第二名称数据表;在所述第二特征序列表中查询序列和名称均相同,但是类型不同的特征序列,存储在第一类型数据表中;在所述第一类型数据表中查询并保留互补为1的特征序列,删除其他特征序列,获得第一子类型数据表;若所述第一子类型数据表中的特征序列均相同,则在所述第一子类型数据表中查询并保留类型满足预设条件的特征序列,在所述第二名称数据表中保留所述第一子类型数据表中保留的特征序列,删除其他特征序列,获得第二类型数据表;在所述第一特征序列表中分别查询序列、名称和类型均相同,但是互补不同、起始不同以及部分序号不同的特征序列,分别保留一条,并将序列不同的特征序列存储在所述第二类型数据表中,获得第三特征序列表;对所述第三特征序列表中的特征序列进行重命名,获得第四特征序列表。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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