[发明专利]一种基于邻接蛋白的蛋白功能注释方法

摘要

本发明公开了一种基于邻接蛋白的蛋白功能注释方法，其特征在于它是由确定未知功能蛋白、统计未知功能蛋白邻接节点注释信息以及添加未知功能蛋白GO注释组成，使用perl语言实现该算法，直到已添加注释个数不再发生变化为止。本发明进一步公开了基于邻接蛋白的蛋白功能注释方法在预测蛋白功能方面的应用。本发明可以解决未知蛋白功能注释阻碍凡纳滨对虾生长、发育、免疫等生理机制研究的问题。为之后进行更精细的蛋白功能研究奠定基础，同时也为蛋白网络子网络的划分提供有效的帮助。

主权项

一种基于邻接蛋白的蛋白功能注释方法，其特征在于它是由确定未知功能蛋白、统计未知功能蛋白邻接节点注释信息以及添加未知功能蛋白GO注释组成，使用perl语言实现该算法，具体步骤如下：（1）确定未知功能蛋白:蛋白质互作网络中，相互作用的两个蛋白称之为节点，其相互之间的作用称之为边,蛋白互作网络中的已知蛋白是指在Gene Ontology数据库中能够根据蛋白编号找到相应的GO功能注释的蛋白，而相对的，无法找到GO功能注释的蛋白即为未知功能蛋白；（2）统计未知功能蛋白邻接节点注释信息：寻找未知功能蛋白邻接节点中有GO注释的蛋白，统计所有的GO注释中，每一个GO注释标注的邻接节点个数；添加未知功能蛋白GO注释,具体步骤如下：1）若A为未知功能蛋白，且A仅有一个邻接蛋白B，则将B的所有功能注释赋给蛋白A；2）若A有多于一个邻接节点，此时需要确定一个合适的临界值，当被某个GO注释的邻接节点个数与被GO注释邻接节点个数的百分比大于等于这个临界值的时候，就将这个GO注释赋予A；3）重复步骤（1）和（2），直到已添加注释个数不再发生变化为止。