[发明专利]使用无细胞DNA片段大小来确定拷贝数变化

摘要

公开的是用于确定已知或怀疑与多种医学状况相关的拷贝数变化(CNV)的方法。在一些实施方案中，提供方法用于使用包含母体和胎儿无细胞DNA的母体样本确定胎儿的拷贝数变化(CNV)。在一些实施方案中，提供方法用于确定已知或怀疑与多种医学状况相关的CNV。本文公开的一些实施方案提供方法以通过衍生片段大小参数，如大小范围内的大小加权的覆盖率或片段的分数来提高序列数据分析的灵敏度和/或特异性。在一些实施方案中，调整片段大小参数以去除样本内GC含量偏差。在一些实施方案中，去除样本内GC含量偏差基于为未受影响的训练样本之间常见的系统变异校正的序列数据。还公开的是用于评估目的序列的CNV的系统和计算机程序产品。

主权项

用于确定包括源于两个或更多个基因组的无细胞核酸片段的测试样本中目的核酸序列的拷贝数变化的方法，所述方法包括：(a)接收通过测序所述测试样本中的所述无细胞核酸片段获得的序列读取；(b)将所述无细胞核酸片段的所述序列读取与包含所述目的序列的参考基因组比对，由此提供测试序列标签，其中所述参考基因组被分成多个箱体(bins)；(c)确定所述测试样本中至少一些所述无细胞核酸片段的大小；(d)基于从其获得所述标签的无细胞核酸片段的大小加权所述测试序列标签；(e)基于加权的测试序列标签计算所述箱体的覆盖率(coverage)；和(f)从所计算的覆盖率中鉴定目的序列中的拷贝数变化。