[发明专利]电子FISH的方法在审
| 申请号： | 201410533062.9 | 申请日： | 2014-10-11 |
| 公开（公告）号： | CN104318131A | 公开（公告）日： | 2015-01-28 |
| 发明（设计）人： | 崔兴雷;刘方;彭仁海;蔡小彦;王星星;周忠丽;王春英;王玉红;刘玉玲;王坤波 | 申请（专利权）人： | 中国农业科学院棉花研究所;安阳工学院 |
| 主分类号： | G06F19/22 | 分类号： | G06F19/22;G06F19/20 |
| 代理公司： | 北京法思腾知识产权代理有限公司 11318 | 代理人： | 高宇 |
| 地址： | 455000 河*** | 国省代码： | 河南;41 |
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| 摘要： | 本发明属于生物信息学领域，具体涉及电子FISH的方法。所述方法包括步骤：)以探针序列作为检索序列，以靶序列作为数据库序列，进行序列比对；用Perl脚本blast_parser.pl修饰比对结果；删除比对结果中片段偏短、一致性偏差的结果；以探针序列及检索序列靶序列上的位置为纵坐标，以比对次数为横坐标做散点图。该方法操作简单方便，且用真实FISH验证其结果，证明其结果可靠精确，节约了时间和成本，且靶DNA可以是基因组、单染色体、特定序列片段等，分辨率高且针对性较强。 | ||
| 搜索关键词： | 电子 fish 方法 | ||
【主权项】：
一种电子FISH的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)以探针序列作为检索序列，以靶序列作为数据库序列，进行序列比对；(2)用Perl脚本blast_parser.pl修饰比对结果，该脚本可以把比对结果转换成表格形式，方便统计分析；(3)删除比对结果中片段偏短、一致性偏差的结果；(4)以探针序列在靶序列上的位置为纵坐标，以比对次数为横坐标做散点图。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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