[发明专利]系谱中染色体区段的来源推断的装置和方法

摘要

本发明公开了一种系谱中染色体区段的来源推断的装置和方法。该方法包括以下步骤对系谱内所有样品两两进行染色体比对得到两两之间的相同染色体区段信息；根据两两之间的相同染色体区段信息将全基因组划分成多个不同类型的遗传区段；根据遗传区段类型的不同将所有样品分成多组遗传区段样品组；根据系谱中每三个样品之间已知的局部遗传关系对各样品各遗传区段的起源进行回溯分析，得到每个样品的各遗传区段所有可能的遗传路径，并将每条遗传路径中最后一个样品记为终点样品；根据终点样品及系谱内的样品排列顺序推断位置最靠前的样品为每个样品的遗传区段的祖先样品，从而完成系谱中染色体区段的来源推断。该方法无需完整系谱结构信息，兼容性好。

主权项

一种系谱中染色体区段的来源推断的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：对系谱内所有样品两两进行染色体比对，得到所有样品中两两相比所得的相同染色体区段信息；根据所述所有样品中两两相比所得的相同染色体区段信息，对全基因组进行遗传区块划分，得到多个不同类型的遗传区段；根据每个所述遗传区段的类型的不同，对所述系谱内的所有样品进行遗传区段组划分，得到多组遗传区段样品组；根据所述系谱中每三个样品之间的已知的局部遗传关系，对每组所述遗传区段样品组中的每个样品的各遗传区段的遗传起源进行回溯分析，得到每组所述遗传区段样品组中的每个样品的各所述遗传区段的所有可能的遗传路径，并将每条所述遗传路径依次所经历的样品中的最后一个样品记为终点样品；根据所有可能的遗传路径中每条所述遗传路径的终点样品及各所述终点样品在系谱内样品的排列顺序，将在所述排列顺序中位置最靠前的样品推断为每组所述遗传区段样品组中的每个样品的各所述遗传区段的祖先样品，从而完成系谱中所有样品的染色体区段的来源推断。