[发明专利]在等位基因特异性PCR中具有经修饰的磷酸酯和碱基的引物

摘要

本发明包括等位基因特异性扩增的方法，所述方法使用等位基因特异性的寡核苷酸，所述寡核苷酸至少部分地与靶序列的多于一个变体互补，但具有与靶序列的仅一个变体互补的至少一个选择性核苷酸，并且掺有具有在环外氨基处共价修饰的碱基的核苷酸和经修饰的磷酸酯两者。

主权项

靶序列变体的等位基因特异性扩增的方法，所述靶以数个变体序列的形式存在，所述方法包括：（a）将第一寡核苷酸和第二寡核苷酸与靶序列的至少一个变体杂交；其中所述第一寡核苷酸至少部分地与靶序列的一个或多个变体互补，并且所述第二寡核苷酸至少部分地与靶序列的一个或多个变体互补，并且具有与靶序列的仅一个变体互补的至少一个选择性核苷酸；其中所述第二寡核苷酸包含具有在环外氨基处共价修饰的碱基的核苷酸和经修饰的磷酸酯两者，所述磷酸酯具有结构：其中A和B代表核苷酸链，D是OH或CH₃，并且Acc是电子受体或被残基R取代的电子受体，其中R是有机取代基，其中Acc选自CN、SO₂‑R'，其中R' 包括至少一个氨基取代的烷基、任选取代的芳基或任选取代的杂环、和在邻位或对位具有至少一个烷基化N‑原子的六元N⁺ 杂环，所述杂环选自吡啶鎓、嘧啶鎓和喹啉鎓；（b）提供适合用于通过核酸聚合酶的寡核苷酸延伸的条件；（c）通过所述核酸聚合酶延伸所述第一寡核苷酸和所述第二寡核苷酸，其中当所述第二寡核苷酸与和所述至少一个选择性核苷酸互补的靶序列的变体杂交时，所述核酸聚合酶能够有效地延伸所述寡核苷酸，并且当所述第二寡核苷酸与不和所述至少一个选择性核苷酸互补的靶序列的变体杂交时，所述核酸聚合酶延伸所述寡核苷酸的效率实质上较低。