[发明专利]高效推断单倍型和填充缺失基因型的方法在审
| 申请号： | 201310741129.3 | 申请日： | 2013-12-26 |
| 公开（公告）号： | CN103745136A | 公开（公告）日： | 2014-04-23 |
| 发明（设计）人： | 丁向东;张勤;肖炜 | 申请（专利权）人： | 中国农业大学 |
| 主分类号： | G06F19/24 | 分类号： | G06F19/24 |
| 代理公司： | 北京路浩知识产权代理有限公司 11002 | 代理人： | 王文君 |
| 地址： | 100193 *** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明属于生物信息技术领域，提供了一种高效推断单倍型的方法，并根据单倍型完成缺失的基因型填充，包括以下步骤：步骤1，获得父亲或母亲基因型，检验后代是否与双亲基因型一致；步骤2，在每个家系中构建亲子单倍型对；步骤3，构建以单倍型频率为参数的极大似然函数；步骤4，计算单倍型频率和推断后代与亲本的双倍型；步骤5，采用最小重组事件原则判断亲本单倍型，推断每个家系亲本最终单倍型。本发明方法保持了稳健性和准确性，减少了计算时间，非常适合高通量数据的分析。 | ||
| 搜索关键词： | 高效 推断 单倍型 填充 缺失 基因型 方法 | ||
【主权项】：
一种高效推断单倍型的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1，获得父亲或母亲基因型，检验后代是否与双亲基因型一致；步骤2，在每个家系中构建亲子单倍型对；步骤3，构建以单倍型频率为参数的极大似然函数；步骤4，计算单倍型频率和推断后代与亲本的双倍型；步骤5，采用最小重组事件原则判断亲本单倍型，推断每个家系亲本最终单倍型。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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