[发明专利]基于最近邻算法的蛋白激酶特异性预测方法及装置

摘要

本发明涉及蛋白质修饰化位点识别技术领域，具体涉及一种基于最近邻算法的蛋白激酶特异性预测方法及装置。本发明的预测方法充分利用了磷酸化位点上游、下游的氨基酸信息，增加了预测的正确率；本发明的预测方法利用氨基酸置换矩阵对待测磷酸化位点肽段和已知磷酸化位点肽段的相似性打分，将待测磷酸化位点肽段标注为得分最高的已知磷酸化位点肽段，提高了预测的灵敏度和特异性。

主权项

一种基于最近邻算法的蛋白激酶特异性预测方法，用于对不同蛋白激酶家族的磷酸化作用位点进行标注，其特征在于，所述方法包括：步骤1：从磷酸化数据库中提取蛋白激酶特异性的磷酸化位点数据，构建用于激酶识别的数据集；步骤2：将所述数据集中每个磷酸化位点提取磷酸化位点肽段数据，所述磷酸化位点肽段以磷酸化位点为中心、包括所述磷酸化位点上游、下游各n个氨基酸残疾；步骤3：将经实验验证的磷酸化位点的磷酸化位点肽段数据组成阳性数据集，将未经实验验证的磷酸化位点的磷酸化位点肽段数据组成阴性数据集；步骤4：将待测磷酸化位点肽段与所述阳性数据集或/和所述阴性数据集中的每一个已知磷酸化位点肽段进行序列对比，用氨基酸置换矩阵对所述待测磷酸化位点肽段和所述已知磷酸化位点肽段的相似性打分，将待测磷酸化位点肽段标注为得分最高的已知磷酸化位点肽段。