[发明专利]配体特异性蛋白质-配体绑定区域预测方法

摘要

本发明提供一种两阶段配体特异性蛋白质-配体绑定区域预测方法，包括以下步骤：步骤1：基于输入的蛋白质序列信息，基于多视角特征的抽取与组合，利用配体特异性预测模型，预测出蛋白质序列中的蛋白质-配体绑定残基；步骤2：将步骤1所得到绑定残基进行空间聚类，使用空间聚类算法，进行空间聚类，进而得到一个或是多个绑定区域。本发明的优点在于：一是使用配体特异性的模块化预测模型，可以有效提高预测精度；二是使用空间聚类算法，可以从预测出的绑定残基进一步得到绑定区域，从而真正实现蛋白质-配体绑定区域预测。

主权项

一种配体特异性蛋白质‑配体绑定区域预测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤1：基于输入的蛋白质序列信息，使用配体特异性预测模型，预测出蛋白质序列中的蛋白质‑配体绑定残基，过程如下：步骤1.1：多视角特征的抽取与组合使用PSI‑BLAST算法抽取蛋白质序列的进化信息，使用PSIPRED算法抽取蛋白质序列的二级结构信息，以及统计20种基本氨基酸在不同配体上的绑定倾向性；再利用滑动窗口方式，将蛋白质序列中的每个残基进行多视角特征表示；步骤1.2：绑定残基预测使用事先训练好的配体特异性预测模型对蛋白质序列中的每个残基配体的概率进行预测，概率高于指定阈值的残基被预测为绑定残基，其中：配体特异性预测模型使用标准的支持向量机模型；步骤2：将步骤1所得到绑定残基进行空间聚类，使用空间聚类算法，进行空间聚类，进而得到一个或是多个绑定区域。