[发明专利]一种用于检测ALK基因不含重复序列的FISH探针、试剂盒及其检测方法

摘要

本发明属于生物技术领域，公开了一种用于检测ALK基因不含重复序列的荧光原位杂交探针、试剂盒及其检测方法。以人工构建的基因序列或者大小为30～1000kb的ALK基因为模板，对ALK基因中的非重复序列进行聚合酶连反应，扩增产物为350～800碱基对大小不等的DNA片段，消除ALK基因中的重复序列，从而形成不含重复序列的产物，产物经过荧光标记后获得ALK基因不含重复序列荧光原位杂交探针，用于ALK基因荧光原位杂交检测。本发明获得的ALK基因荧光原位杂交探针可消除重复序列，显著降低ALK基因荧光原位探针的非特异性背景信号，提高荧光原位杂交探针的特异性。

主权项

一种用于检测ALK基因不含重复序列的FISH探针，其特征在于，所述FISH探针DNA以ALK基因为模板，利用78对PCR引物组或与引物组具有同一性的核苷酸序列，进行PCR扩增反应制备得到，所述78对PCR引物组为：1F：5'ACTGTTGTTCCACCCAAGATG3'1R：5'ACCAGGCTGTTCCAAGTATGA3'2F：5'GGAAGATACACCCAATCC3'2R：5'AACCTCCTCCACTACCTC3'3F：5'TGCCAGGTAGTCACATCAT3'3R：5'AGGCCACATTCCTAAACA3'4F：5'ACCCTTTGTATTCTTCTTCATCTTG3'4R：5'GCCTTTTAGTAGTCCTTCCAGTG3'5F：5'GGGATGGCTGCTGCTCTT3'5R：5'GATGCTGCCTGGGAAACAA3'6F：5'GAGTCAAAGAATGCTGGGTA3'6R：5'CTTCCTTGGAGGATAAACA3'7F：5'CGATTTCTGTGCCTCTTG3'7R：5'GCTCTGCTCTGCCTACCT3'8F：5'GAGGTCATTGTAAGGAGGAT3'8R：5'AGGTCAGCACATGCCACT3'9F：5'ATGTAGTCAAGGCAGGTTTC3'9R：5'CAAGCGTTAAGGGTTAGG3'10F：5'GCAGGCTGGAAATCTATG3'10R：5'TCCCACTGGAAGGGTTAT3'11F：5'CTGGGCAGGCTGCTTATC3'11R：5'GTGGCACAGAGTTTGTTTCC3'12F：5'TTCGGGAGAAGGCACAAT3'12R：5'CAAGGGCAAAGCCAGCAA3'13F：5'TAATGCTTTGCTGGTCTG3'13R：5'AGGGCTCTTAAATTGGTC3'14F：5'TAGGGCTGGAAAGGTGATGG3'14R：5'TGGCTCTGGCTTGCTGAA3'15F：5'TGCCTATGTGCCACCCTC3'15R：5'CAGCCTGTTAGTGCTCCAAG3'16F：5'GGCAGATGTGGATGCTGTAGA3'16R：5'TGAGGGGAATTAGGGAGTGG3'17F：5'AGGAACAAGCCCTGAGAC3'17R：5'CTTAGACAACCCGACCAC3'18F：5'CAGCCTAAGTTGTTTGTTCC3'18R：5'TTCCGATTGCTCTATGTTTCA3'19F：5'CCAGGGAAATCCTCAGAACA3'19R：5'ATGGCATCCGCAGCAATC3'20F：5'ACCGTTCATCACCCATCA3'20R：5'TTCTATCCCACCCTCTACC3'21F：5'GACCAAGGGCTACAAGTT3'21R：5'GGAGGCAAGGAGAATACA3'22F：5'CTGCTGACTGTATTTTGGTGCT3'22R：5'GCTAGGGAGTTGGAGGGATTA3'23F：5'AGGGCTTAGCACCATTCG3'23R：5'AACTCTGCCTCCCACATC3'24F：5'GGTTCTGAAGAGGAGGCA3'24R：5'AGGATAGTGGTGTTGAGGC3'25F：5'ATAAAGTAGGGATGGAGGC3'25R：5'ATAGGGAGCTGAGGGAAT3'26F：5'CGTTGCCAGGAACAAGAAAG3'26R：5'CCACAAAAGGGGAATAGGGA3'27F：5'ACTCATCATTAGCCACCCATTT3'27R：5'GGTCATCCCCAACTTCAACAT3'28F：5'AGGCTGTGAGTCTGAGGT3'28R：5'AGCTTTCCCAGTTCTTCC3'29F：5'ATTCCACCAAGTCACCAT3'29R：5'AAGACTGCCCAGAAAGAT3'30F：5'ACTAACAGGCAGGCAGAA3'30R：5'AACTTGAGATACTTGGAGGG3'31F：5'GAGTCTCCAACGGTGTTC3'31R：5'TTACATCCTCCCACAAAA3'32F：5'TATGCCTGGCTGTGACTC3'32R：5'TGTGCCCACTACTGACCC3'33F：5'TTCGGGAGCATTGATTGG3'33R：5'CGACTTGGGACTTGACACC3'34F：5'CTGGTAGTCAGGCATTGTGG3'34R：5'AGTGAAGTGAGCCGTGGG3'35F：5'CATGCCATGCAATTTACC3'35R：5'TCACTTCTTCCTCCCTCA3'36F：5'CCATTTGGCTTTTGCCTTTA3'36R：5'TTGCTGTTTGTCATTTGTCCC3'37F：5'ACAACAGGAAGGGCATAGGAG3'37R：5'CAGGAGCCAAACCGCAAG3'38F：5'CCATTTGGCTTTTGCCTTTA3'38R：5'TTGCTGTTTGTCATTTGTCCC3'39F：5'TTGGCATTGACAGTTGAGG3'39R：5'TGAAGCTGGAATAAGGAAGAA3'40F：5'ATTAGGGATACAGATGGGATT3'40R：5'GGTTAGCAGAGGTGGTCAA3'41F：5'TACCCTACTCCCAACTATCATC3'41R：5'CTCAACATAAACTCTGCTTCACTC3'42F：5'AGAGTAAACCAAAGGGTCAGAAAGC3'42R：5'CATAGGTCCTAAGTGCCACATAAT3'43F：5'CATGGTTGTGGCGCTGTATG3'43R：5'CAGGTTGGCAGAATGTTGAGT3'44F：5'CTTCCTGTCCGCAATAAATGG3'44R：5'ACCCTCCCTTTTCTCACCACC3'45F：5'ATGAAGCAGTTGGCAGAGGAG3'45R：5'GAAATGGATGTGAGTAGCGTGT3'46F：5'CCACGGGAAGAGTGGTGAG3'46R：5'GAGAAGGGAGACTGGGCTGT3'47F：5'GATTACTGGTGCTGAGTTGGC3'47R：5'TGGCATTGGAGTGGTAGGAT3'48F：5'GGGAGTGAGAAGGGCTGTTT3'48R：5'CGCTTGGTGATTTTGGAATT3'49F：5'TATTGTATGTGAGGTGAATGGGT3'49R：5'GAGGGTTTGAGACTGTTTCTTGT3'50F：5'CTGGGGATATTGTGCTTGTT3'50R：5'ACTGGAGTCCTGCCTTTGTC3'51F：5'GGGTAGGCAGGATATGGGTT3'51R：5'GAAGGGGCTGGACATTTCTC3'52F：5'CTCTTTTGGCACCCCTCACT3'52R：5'CCCTGCTTCCTAATCACTTCC3'53F：5'TTGATTCCCATCTCCTCCTT3'53R：5'GTACAGTATGTCAGCATTCCAG3'54F：5'ATTTGCCACTCACTGCTATGTT3'54R：5'CTGCTTTGTCACCCTTTACG3'55F：5'CACAGAAAGCAGCACTGAGAC3'55R：5'TCCCAGGGAGAAAGGAACATAC3'56F：5'AACCCATGTCACCTCCTTATT3'56R：5'GGTAGTGTCTGCTGTTACTTTCC3'57F：5'CTGTATTGATCCAGACAAACTC3'57R：5'CGGTTGCATTATTACTACATAGCT3'58F：5'CCCACAACAAATACTCCTGC3'58R：5'TCAATCAATCCCTCCCCATC3'59F：5'CTGGGGTATGTTTACAGGTTCAC3'59R：5'TGCCCAAGCAGGCATTGTTTCT3'60F：5'AAGATGGGCTCAGTGTTGGAT3'60R：5'GAGGCTTTGGTTGCTGTTGT3'61F：5'GAGTTAAGCTCCCCACCAAT3'61R：5'TTTCTAAGCCCAAGACTTTCAG3'62F：5'TCATTCTTCTCCTCCTCCCAG3'62R：5'CCTGACCCACTCCCTACAGC3'63F：5'GAGCAAGCAGTTGGGGAAAG3'63R：5'TATGGAGGGTGGATGGGAAG3'64F：5'CCAGACCAGCCTTCTCCTTC3'64R：5'CCTGCACAGATAGCTCCACCCT3'65F：5'TAAGAAAACTGTAAACCAGCAC3'65R：5'CCCTGAGTCTCCCATCTGTC3'66F：5'ATGGAACCTGTGGTTTCTGC3'66R：5'TTGAGTGACCTCGTTGACGG3'67F：5'CAAGTCATTGGGTCTTTAGTT3'67R：5'AAAGGTCCCCTTTCTGGAAT3'68F：5'CTCATAAAGATGCTTTTGGTCAG3'68R：5'CAATGGAGATAGTAGCGGATG3'69F：5'GATTGGTGCTGTCTTTAGGGT3'69R：5'AAGTCTTGGCTTGGGGTATG3'70F：5'CCTAATGCTTCCCCACTGCT3'70R：5'TGCCTTGTCCATTCTTGTCTG3'71F：5'GTAACTCCACTCGCAGCACTAC3'71R：5'GAATCTGGCAGGTACTTCAGG3'72F：5'AGGAATGGGGTGCTTCTGTT3'72R：5'GGGTCAAGGCTGTTCAGTTTC3'73F：5'CCACTCACCCACTTCCCTCTT3'73R：5'ACGGATTTCTTCTTCTATCACAT3'74F：5'GGCAAGACCTCCTCCATCAG3'74R：5'GGGCTTCCAGTTCTTCACCT3'75F：5'GGATTCACTTGCCCCTTACAT3'75R：5'TGATGTTCACAGCATGATGTCC3'76F：5'CCCTCTGTTATCTGACTTTTCC3'76R：5'TGCATGTCTAGCCTGGTGTT3'77F：5'CTTTGGAGTGCTGCTATGGG3'77R：5'TGAGGGTGCGAACTCGTCTAG3'78F：5'ATTACGGCTACCAGCAACAG3'78R：5'GGAAACATCTATGACCCCAAC3'。