[发明专利]花色苷抗氧化活性三维定量构效关系模型的构建方法有效
申请号: | 201310022097.1 | 申请日: | 2013-01-21 |
公开(公告)号: | CN103093100A | 公开(公告)日: | 2013-05-08 |
发明(设计)人: | 敬璞;李平凡;钱柄俊;隋中泉;赵淑娟 | 申请(专利权)人: | 上海交通大学 |
主分类号: | G06F19/00 | 分类号: | G06F19/00 |
代理公司: | 上海旭诚知识产权代理有限公司 31220 | 代理人: | 郑立 |
地址: | 200240 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | 本发明涉及花色苷抗氧化剂抗氧化活性三维定量构效关系模型的构建方法,所述方法以已知活性的花色苷抗氧化剂为研究对象,利用三维定量构效关系技术,建立花色苷抗氧化剂三维定量构效关系模型,采用分子力场法和分子相似性系数分析法分析、分子构象优化、参数优化等技术建立准确的构效关系模型。所构建模型能够快速预测未知活性化合物的活性值,并且能够合理阐释花色苷抗氧化活性大小与其结构特征的关系。 | ||
搜索关键词: | 花色 氧化 活性 三维 定量 关系 模型 构建 方法 | ||
【主权项】:
一种花色苷抗氧化剂抗氧化活性三维定量构效关系模型的构建方法,包括以下步骤:(1)测定花色苷物质的抗氧化活性大小,并将其随机分组为测试集和训练集,生物活性指标采用抗氧化活性的负对数表示;(2)使用软件分析获得训练集和测试集中的化合物的三维空间结构,经构象优化获得优化的三维空间结构模型;(3)以步骤(2)中优化得到的三维空间结构模型的公共刚性骨架为基础,以训练集中抗氧化活性最大的分子为模板进行分子叠合;(4)用小分子探针搜寻叠合后化合物周围的力场信息计算力场值;(5)对步骤(4)获得的力场信息与训练集中的化合物的生物活性值进行偏最小二乘法回归,获得花色苷物质抗氧化活性三维定量构效关系模型。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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