[发明专利]一种牛的miRNA靶基因预测分析方法

摘要

本发明涉及一种牛miRNA靶基因预测分析方法，适用于牛miRNA靶基因的预测。本发明包括如下流程：步骤1、3’-UTR数据库的建立。步骤2、对于没有3’-UTR序列的物种，获得牛的mRNA序列。步骤3、获得牛的蛋白序列。步骤4、我们通过编写PERL脚本程序从mRNA序列中减除编码蛋白的序列(CDS)从而获得基因的5’-UTR和5’-UTR序列。其中的3’-UTR序列被收集起来，建立其3’-UTR序列数据库。步骤5、对于有公开的3’-UTR的物种，则直接下载相关的数据。步骤6、靶基因预测由多个软件分别进行预测，对于有些无法对应的microRNA，则参考了miRGator软件。我们一般取几种软件预测结果的交集，即overlap部分。步骤7、统计分析，将预测得到的靶基因进行统计，以确定最有可能的靶基因。

主权项

一种基于已有序列数据库及计算机软件辅助的、预测分析牛miRNA靶基因的方法，其主要特征在于：步骤1、3’‑UTR数据库的建立；步骤2、对于没有3’‑UTR序列的物种，获得牛的mRNA序列；步骤3、获得牛的蛋白序列；步骤4、我们通过编写PERL脚本程序从mRNA序列中减除编码蛋白的序列(CDS)从而获得基因的5’‑UTR和5’‑UTR序列。其中的3’‑UTR序列被收集起来，建立其3’‑UTR序列数据库；步骤5、对于有公开的3’‑UTR的物种，则直接下载相关的数据；步骤6、靶基因预测由多个软件分别进行预测，对于有些无法对应的microRNA，则参考了miRGator软件。我们一般取几种软件预测结果的交集，即overlap部分；步骤7、统计分析，将预测得到的靶基因进行统计，以确定最有可能的靶基因。目标是找到对应miRNA最多的5‑10个目标靶基因。