[发明专利]一种单分子dsDNA微阵列芯片制备方法

摘要

本发明提出一种新的在固相支持物表面制备单分子(unimolecular)双链脱氧核糖核酸(double－stranded DNA，dsDNA)微阵列(microarray)的方法。该方法首先用固相化学合成两条寡核苷酸，一条为靶寡核苷酸(target oligonucleotide)，另一条为通用寡核苷酸(universaloligonucleotide)；其中靶寡核苷酸从5′端到3′端含有如下构件：反向互补序列、蛋白质结合位点和通用寡核苷酸互补序列；通用寡核苷酸的5′端修饰特定化学基团，以便将DNA连接固定到固相支持物表面，3′端为羟基。芯片制备时，首先将靶寡核苷酸和通用寡核苷酸复性，将复性产物点印连接到固相支持物表面，制成寡核凸酸微阵列；对寡核苷酸微阵列进行在片(on－chip)DNA聚合酶延伸反应，使寡核苷酸微阵列成为双分子(bimolecular)dsDNA微阵列；将微阵列变性处理，使其成为单链DNA(single－strandedDNA，ssDNA)微阵列；将ssDNA微阵列进行DNA复性处理，使单链DNA自由3′端形成发卡(hairpin)结构；最后对复性的ssDNA微阵列再进行在片DNA聚合酶延伸反应，使ssDNA微阵列成为单分子(unimolecular)dsDNA微阵列。本发明制备的单分子dsDNA微阵列芯片，在基础分子生物学研究，特别是基因表达调控研究及生物医学研究，如DNA结合蛋白相关疾病诊断、药物作用机理和药物性分子筛选研究中有广泛的应用价值。

主权项

1、一种制备单分子双链脱氧核糖核酸(dsDNA)微阵列芯片的新方法，包括步骤：(1)、固相化学合成两种单链寡核苷酸片段，一种为靶寡核苷酸，其5′端为两段反向碱基互补序列，3′端为通用寡核苷酸互补序列；另一种为通用寡核苷酸，其3′端为羟基，5′端为化学修饰基团；(2)、在液相反应体系中将该通用寡核苷酸与靶寡核苷酸复性；(3)、两寡核苷酸复性产物点样固定到固相支持物表面，形成寡核苷酸微阵列；(4)、寡核苷酸微阵列在片核酸聚合酶延伸，形成双分子dsDNA微阵列；(5)、双分子dsDNA微阵列变性，形成单链脱氧核糖核酸(ssDNA)微阵列；(6)、ssDNA微阵列复性，单链3′端形成发卡结构；(7)、复性后ssDNA微阵列在片核酸聚合酶延伸，形成单分子dsDNA微阵列。